ยางามิ ไลท์ นักเรียนม.ปลายผู้เป็นอันดับหนึ่งด้านการเรียนของประเทศ เก็บบันทึกมรณะ (เดธโน้ต) ของ ลุค ยมทูตผู้หนึ่งได้ ทำให้ได้รับความสามารถพิเศษที่จะสามารถฆ่าคนได้ เพียงแค่รู้จักหน้าคนผู้นั้นแล้วเขียนชื่อลงไปในกระดาษของบันทึกเล่มนั้น ผู้ที่ถูกเขียนชื่อจะเกิดอาการหัวใจวาย เสียชีวิตภายในเวลา 40 วินาที ไลท์จึงตัดสินใจจะเปลี่ยนแปลงโลก โดยใช้เดธโน้ตฆ่าอาชญากร จากเหตุอาญากรรมครั้งแล้วครี้งเล่าโดยที่ผู้เสียชีวิตจะเป็นอาชญากร ผู้คนจึงขนานนามของผู้ฆ่า(ไลท์) ว่า "คิระ" (มาจากคำว่า Killer ในภาษาอังกฤษ)

ทีมงานตำรวจซึ่งนำโดย ยางามิ โซอิจิโร่ พยายามตามจับตัว ไม่นานเรื่องนี้ได้ล่วงรู้ไปถึงองกรค์ระหว่างโลก โดยมีนักสืบผู้ไม่ปรากฎกายแต่ใช้นามแฝงว่า L ได้ปรากฎตัวออกมาท้าทาย Kira ทำให้ ไลท์ โกรธมากและพยามหาทางกำจัด L ให้ได้เช่นกัน ทาง L ก็ได้ร่วมมือกับ ยางามิ โซอิจิโร่ พยายามสืบหาว่า "คิระ" คือใคร และใช้วิธีใดในการฆ่าคนเพียงแต่เห็นหน้าและทราบชื่อโดยมี Watari เป็นผู้ช่วย ระหว่างนี้ L ขอให้ทางสหรัฐส่ง FBI เข้ามาติดตามผู้ต้องสงสัยว่าเป็น Kira ทางด้านไลท์ได้ทดสอบใช้งานโน๊ตจนทราบว่าสามารถที่จะกำหนดให้บุคคลเสียชีวิตด้วยเหตุอื่นๆ และกำหนดเวลาที่จะให้เสียชีวิตด้วย จนในที่สุดวางแผนฆ่า FBI ที่เข้ามาได้จนหมด ทำให้ L เริ่มมั่นใจว่า ไลท์ น่าจะเป็น Kira

แต่แล้วจู่ๆ ก็ปรากฎวีดีโอเทปถูกส่งมายังสถานีโทรศัทน์แจ้งว่าตนเองคือ " Kira " โดยทำการฆาตรกรรมคนเพียงแต่เห็นหน้าไม่จำเป็นต้องทราบชื่อ... เหตการณ์ดังกล่าวทำให้ ไลท์ เองพยายามหาทางติดต่อกับผู้ใช้ DeathNote อีกคน และสามารถดึงตัว อามาโนะ มิสะ หรือ Kira เบอร์2 มาเป็นพวกได้ในที่สุด และพยายามให้ มิสะ เจอกับ L ให้ได้ ส่วน L เองก็เชื่อว่ามี Kira 2 คน ดังนั้น L จึงออกมาพบกับ ไลท์ เพื่อเฝ้าติดตามดู ไลท์ ตลอดเวลา เมื่อ L ออกมาพบกับ ไลท์ และบังเอิญเจอมิสะ L ได้พบพิรุธของ มิสะ แล้วจับกุมตัว มิสะ ในฐานะ Kira เบอร์ 2 ในทันที ทำให้ ไลท์ ไม่สามารถใช้ มิสะ ในการกำจัด L ได้ รวมถึง Rem (ยมทูตที่ติดตาม มิสะ) จะฆ่า ไลท์ หากไม่สามารถช่วย มิสะ ออกมาได้ เหตุการ์ไม่คาดคิดนี้เองทำให้ ไลท์ ต้องวางแผนสุดท้ายในการกำจัด L โดยมี Rem มาช่วยด้วยอีกแรง โดยแผนการในครั้งนี้ทำให้ ไลท์ ต้องเสียสิทธิ์ในการครอบครอง Death Note แล้วกลับมาเป็นคนธรรมดา เพื่อช่วย L สืบหาตัว Kira โดยมีผู้บริหาร 8 คนของ บ.Yosuba เข้ามาเป็นตัวร่วมในครั้งนี้ การร่วมมือระหว่าง L กับ ไลท์ ในการตามจับตัว Kira ดำเนินไปจนถึงขั้นสุดท้าย จนสามารถจับตัว Kira และยึด Note มาได้สำเร็จ แต่ Kira กลับหัวใจวายตายก่อน แม้ว่าหลักฐานจะสรุปว่า Kira ได้ตายไปแล้ว แต่ L ก็ไม่ลดละในการพิสูจน์ว่า ไลท์ คือ Kira และ มิสะ คือ Kira เบอร์2 ทำให้ Rem ซึ่งกลัวว่า มิสะ จะต้องถูกจับใน ฐานะ Kira เบอร์ 2 ต้องทำอะไรบางอย่างในที่สุด โดยทุกคนหารู้ไม่ว่าทุกอย่างเป็นแผนการทั้งหมดของไลท์ที่วางไว้ตั้งแต่แรกแล้ว

หลังจาก L ตายไปไม่นาน เครื่องคอมพิวเตอร์ของ Watari ได้ทำการส่งข้อมูลทั้งหมดเกี่ยวกับคดี Kira ไปที่ สถานรับเลี้ยงเด็ก ควิลล์ แวมมี่ ที่ Roger ดูแลอยู่ ก็ทำให้ทราบว่า วาตาริ เป็นเจ้าของบ้านเลี้ยงเด็กกำพร้า Near และ Mello ก็อยู่ในระหว่างการคัดเลือกว่า ใครจะมาแทน L ซึ่ง Mello รู้ตัวว่าเป็นรอง Near จึงออกจากบ้านเด็กกำพร้า และหาทางสืบเรื่องคิระ ตามวิธีของตน เพื่อที่จะแสดงให้คนอื่นเห็นว่า ตนเองมีความสามารถ และไปเข้ากับพวกมาเฟียระดับโลก โดยยื่นเงื่อนไขในการจัดการ Kira ให้ เพื่อพวกมาเฟียจะไม่โดน Kira เขียนชื่อลงใน DN ส่วนทาง เนียร์ ได้นำข้อมูลทั้งหมดไปให้ ประธานาธิปดีสหรัฐ และขอให้จัดสรรทีม (SPK = Secret Provision For Kira)เพื่อสืบคดี Kira ต่อ ยางามิ ไลท์ ก็สืบทอดตำแหน่งการตามจับ Kira ต่อไปใน ร่างของ L โดยเข้าไปทำงานด้านข้อมูลของกรมตำรวจ

ทาง Mello กับพวกมาเฟีย จับผอ.ตร ของญี่ปุ่นมาเพื่อสอบถามข้อมูลของ Death Note แต่ ผบตร. ก็ตายด้วยน้ำมือของ ไลท์ ต่อมา Mello วางแผนจับตัว ยากามิ ซายุ มาต่อรองการแลก Note จาก ยางามิ โซอิจิโร่ หลังจาก Mello แลก Note กับซายุแล้ว ได้ทำการศึกษา DN และเริ่มทดลองการใช้ Note ระหว่างนี้ทาง Near เองได้ติดต่อกับ L เบอร์2(ยางามิ ไลท์) เพื่อร่วมกันแย่ง DeathNote คืนจาก Mello สุดท้ายได้รับความร่วมมือจาก ชีโดว์ ยมทูตซึ่งเป็นเจ้าของโน๊ตเล่มแรกที่แท้จริง โดยการแย่งคืนโน๊ตครั้งนี้ แม้ว่าจะสามารถแย่ง Note คืนรวมถึงรู้ชื่อที่แท้จริงของ Mello แต่ก็ต้องทำให้พ่อของไลท์ ( ยางามิ โซอิจิโร่ )ต้องเสียชีวิตไป และ Mello ก็หนีไปได้

ต่อมาไม่นาน ประธานธิบดีสหรัฐได้เสียชีวิตลงโดยฝีมือของ Kira เหตุการณ์นี้ทำให้รัฐบาลสหรัฐล้มเลิกความคิดที่จะสืบหาตัว Kira และมายืนอยู่ฝ่ายเดียวกับ Kira จนทำให้หน่วย SPK ของ Near ต้องถูกปิดลง แต่ทาง Near กับพวกที่เหลืออีก 3 คนต่างไม่ยอมล้มเลิกการตามหาตัว Kira และได้ใช้เงินกองทุนของ L ในการดำเนินการสืบหา Kira ต่อไป ต่อมา Mello ได้ติดต่อกลับมาทาง Near ผ่านทาง ริโดน่า สมาชิค 1 ใน 3 ของ SPK ที่ยังทำงานกับ Near และเล่าเรื่อง Death Note ทีรู้ให้ Near ฟังก่อนจะจากไป ในตอนนั้น Near เองก็เริ่มสงสัยในตัว ยากามิ ไลท์ หรือ L เบอร์2 โดยเริ่มติดต่อกับคนในทีม ไลท์ 2 คน คือ โมงิ กับ ไอซาวะ และอนุญาติให้ โมงิ มาพบ Near ได้ ตอนนั้นไลท์ ซึ่งต้องการจัดการ เนียร์ อยู่แล้วจึงซ้อนแผนไปอีกที ทำให้ที่อยู่ของ Near ถูกค้นพบและถูกทำลายลง แต่ Near และ สมาชิกทีม SPK ทั้ง 3คน ก็หนีรอดออกมาได้

การกระทำและเฝ้าจับตาดู L เบอร์2 ของ Near ทำให้ไลท์ ทำหน้าที่ Kira ไม่ได้ และจำเป็นต้องหาตัวแทนขึ้นมา สุดท้ายจำเป็นต้องเลือก มิคามิ เทรุ มาเป็นตัวแทนคิระ มิคามิ ยอมแลกเปลี่ยนดวงตายมทูต เพราะศรัทธาในตัว Kira เมื่อตอนที่โฆษก ซากุระทีวีตาย มิคามิได้เลือกโฆษกคนใหม่ ซึ่งก็คือ ทาคาดะ คิโยมิ แฟนของไลท์ สมัยเรียนมหาวิทยาลัย เมือ่ไลท์ ได้พบกับ ทาคาดะ ก็แสดงความรักต่อ ทาคาดะ และสารภาพกับ ทาคาดะไปว่าเขาคือ Kira ทาง ทาคาดะ เองซึงศรัทธาในการกระทำของ Kira อยู่แล้วบวกกับชอบพอในตัว ไลท์ มาก่อน ก็ตอบตกลงช่วยเหลือ ไลท์ ในทันที ซึ่งทำให้ ไลท์ สามารถใช้งานทาคาดะ ในเป็นตัวกลางระหว่างติดต่อกับ มิคามิ โดยทุกครั้งที่ ไลท์ นัดเจอกับ ทาคาดะ ไลท์จะติดเครื่องดักฟังเพื่อไม่ให้เจ้าหน้าที่ในทีมคนอื่นสงสัย แต่อาศัยการเขียนความต้องการลงในกระดาษเพื่อเป็นการสื่อสารกับทาคาดะ แทน

ทาคาดะ ซึ่งเป็นคนเดียวที่สามารถติดต่อกับ Kira ได้ ทำให้เธอมีสิทธิ์อยู่เหนือคนธรรมดาทั่วไป ในเวลานั้นทาง มิคามิ เองก็ ฆ่าคนอื่นไปตามคำสั่งของ ไลท์ ที่ส่งผ่านมาทาง ทาคาดะ ต่อมา ทาคาดะ ได้จ้างบอดีการ์ด 4 คนเพื่อคุ้มกันตัวเธอเองหนึ่งในนั้นคือ ริโดน่า สมาชิค SPK ซึ่ง Nearส่งให้มาจับตาดู ทาคาดะ ส่วนทาง ไอซาวะ ที่ติดต่อกับ Near ก็เริ่มจับตาดู ไลท์ เป็นระยะ และเริ่มมั่นใจว่า ไลท์ คือ Kira แต่ก็ยังไม่สามารถทำอะไรได้ ทาง Near เริ่ม สงสัยในตัว มิคามิ และสั่งให้ เจวานนี่ ตามเฝ้า มิคามิ ตลอด จนในที่สุดเจวานนี่สามารถเข้าถึง Death Note ที่อยู่ในมือ มิคามิ ได้สำเร็จ และถ่ายรูปข้อความทั้งหมดใน Death Note กลับมาให้ Near แต่หลักฐานนั้นยังไม่พอที่จะสาวไปถึงตัว ไลท์ ได้เพราะ ไลท์ไม่ได้ติดต่อกับทาง มิคามิโดยตรง มีทางเดียวคือ ต้องให้ ไลท์เป็นคนยอมรับเองว่าเป็น Kira ทาง Near จึงให้ เจวานนี่ ติดตาม มิคามิต่อไป รวมถึงตัวเองก็คิดหาทางจัดการกับ Kira ไปด้วย โดยหารู้ไม่ว่าทั้งหมดอยู่ในแผนของ ไลท์ ที่วางไว้

เมื่อรวบรวมพยานหลักฐานทั้งหมดแล้ว และมั่นใจเต็มที่ว่า ยางามิ ไลท์ คือ Kira ทาง Near ได้นัดกับ ไลท์ ออกมาพบกันเพื่อมาพิสูจน์ในครั้งสุดท้าย ทาง ไลท์ เองก็หาโอกาสกำจัด Near มานาน เมื่อ Near เอง เป็นฝ่ายนัดมาเองก็ยินดียิ่ง เพราะจะเป็นโอกาสจัดการทุกคนในทีเดียว โดยจะเจออีกครั้งใน 3 วันให้หลัง โดย Near จะพาทีม SPK ซึ่งประกอบด้วย เลสเตอร์ โจวานนี่ และริโดน่า ไปทั้งหมด และไลท์เองก็พาทีมอันประกอบด้วย โมอิ ไอซาวะ อิเดะ และ มัทซึดะ ทั้งหมด ไปนัดเจอกันที่โกดังร้างเเห่งหนึ่ง เมื่อทั้งสองฝ่ายตกลงกันแล้ว ต่างก็ยุติการเคลื่อนไหวทั้งสิ้น

แต่เหตุการณ์ที่ไม่คาดคิดก็เกิดขึ้น เมื่อ Mello ลักพาตัว ทาคาดะ หนีไป แต่ท้ายที่สุด Mello ก็ตายโดยฝีมือของ ทาคาดะ ซึ่งเธอเขียนชื่อจริงของ Mello ในเศษกระดาษ DeathNote ที่ทางไลท์ได้ให้ไว้ก่อนหน้านี้ ( ไลท์ ได้เคยบอกชื่อและให้ดูรูปตอนเด็กของ Mello แก่ ทาคาดะ ไว้ก่อนแล้ว)หลังจากทราบว่า Mello ได้ตายแล้ว ไลท์ ต้องการทำลายหลักฐานทั้งหมด ระหว่างเดินทางที่ไปรับตัว ทาคาดะ จึงได้เขียนชื่อ ทาคาดะ ลงเดธโน้ต และใส่สาเหตุการตายว่าฆ่าตัวตายโดยการเผาร่างตัวเองพร้อมวัตถุใกล้ตัว แม้จะมีเหตุการณ์ไม่คาดคิดเกิดขึ้น แต่ก็ไม่ได้ทำให้การนัดพบของทั้ง Near และ ไลท์ ต้องยกเลิก เพราะต่างฝ่ายต่างวางแผนของตนไว้อย่างดีแล้ว

เมื่อถึงวันนัด ทั้ง2 มาพบกัน ต่างฝ่ายก็มั่นใจว่าต่างเตรียมตัวมาดีแล้ว สุดท้ายแผนการเปิดโปงตัวจริงของ Kira จาก Near ที่วางไว้ถูกซ้อนแผนโดยไลท์ โดยมี มิคามิ เป็นตัวร่วมในครั้งนี้ และการตั้งใจตายของ Mello ในคราวนั้นกลับช่วย Near ซ้อนแผนกลับไปที่ไลท์ได้อีกครั้ง และช่วยทำให้ทุกคนรอดตายจากน้ำมือของ ไลท์ ได้ในที่สุด..

หลังจากถูกเปิดโปงได้ว่า ไลท์ คือ Kira ทำเอาไลท์ พยายามหาทางเกลี้ยกล่อมคนที่เหลือ และหาวิธีกำจัด Near ส่วนมิคามิ ก็ถูกรวบตัวไป...เมื่อรวบรวมสติได้ไลท์ ก็ตั้งใจจะเขียนชื่อเนียร์ ลงบนเศษของโน้ตที่ซ่อนอยู่ในนาฬิกา แต่ มัสสึดะเห็นเสียก่อนจึงยิงปืนใส่ไลท์ แล้วบอกว่า"ไลท์เป็นคนทำให้ยางามิ โซอิจิโร่ตาย" ไลท์หมดสภาพ พยายามดิ้นรนขอให้ มิคามิเขียนชื่อพวก SPK แต่มิคามิถูกจับอยู่แถมโน้ตที่อยู่กับมิคามิ ก็เป็นของปลอม จึงตะโกนว่า"แกมันไม่ใช่พระเจ้า"ไลท์ ยังคงพยายามที่จะหาคนอื่นช่วย จนในที่สุดก็มองเห็นลุค และขอร้องลุคว่า"ฆ่าไอ้พวกนี้ให้ที" ลุคตอบว่า"ได้ชั้นจะเขียนให้ แต่คนที่ตายก็คือไลท์" ไลท์ตกใจมาก แล้วร้องออกมาว่ายังไม่อยากตาย เขานึกย้อนเหตุการ์ไปวันที่ ไลท์ เจอกับ ลุค ครั้งแรก ซึ่งลุค เคยบอกว่าจะอยู่รอจนถึงวันที่ตัวเองได้เขียนชื่อ ไลท์ ลงในnoteของ ลุคเอง สุดท้ายไลท์เองก็ไม่สามารถที่จะต้านทานอำนาจของเดทโน้ตได้

..........................มนุษย์ทุกคนสักวันก็ต้องตาย ความตายคือความเสมอภาค .............................

ผ่านมาเป็นเวลา1ปี โลกกลับสู่สภาพเดิมก่อนที่จะมีคิระมาพิพากษา ไอซาว่า ได้เป็น ผ.บ. เนียร์ได้เป็น L โรเจอร์ เป็นวาตาริ และทำการสืบคดีเรื่องการค้ายา ทุกสิ่งทุกอย่างกลับเป็นปกติ โดยก่อนหน้านั้น Near ได้เผา note ที่มีอยู่ทั้งหมดทิ้ง ส่วนมิคามิเองก็เสียชีวิตในคุก ...แต่ในอีกด้านหนึ่ง ก็มีกลุ่มคนที่ยังคิดว่า คิระแค่หยุดพัก และยังเชื่ออยู่ว่าสักวันคิระจะกลับมา..